WOLA viene trabajando mucho con Guatemala desde hace muchos años.  Desde la firma de los Acuerdos de Paz en 1996, WOLA ha ejercido una influencia decisiva para que las fuerzas de seguridad guatemaltecas se sometan a un control efectivo de los civiles, para promover la defensa de los derechos humanos, garantizar un paquete de asistencia económica a la región tras los estragos que provocó el huracán Mitch, y a la vez apoyando los intentos de fortalecer el Estado de Derecho, incluso la creación de una comisión internacional para investigar y desmantelar el aparato clandestino de seguridad. 

Desde 1996 hasta 2003, el Programa de Capacitación en Defensa de América Central de WOLA tuvo como objetivo consolidar la capacidad de organizaciones homólogas para interactuar mejor e influir más en la clase política local, nacional e internacional, brindando capacitación exterior en las metodologías y técnicas básicas de defensa. Para bajar los manuales de capacitación, haga clic aquí.

En los últimos tiempos, WOLA comenzó a investigar otras cuestiones en torno a Guatemala, principalmente las pandillas juveniles y la violencia contra las mujeres.  Como parte del programa de Derechos y Desarrollo, el Tratado de Libre Comercio de América Central-República Dominicana (DR-CAFTA) también fue un tema importante de análisis.